Proces formowania jednostki rozpoczął się 03.10.2000 r., na podstawie decyzji Ministra Obrony Narodowej z dnia 03.10.2000 r. w sprawie zmian organizacyjnych w Wojskach Lotniczych i Obrony Powietrznej oraz rozkazu Dowódcy Wojsk Lotniczych i obrony nr PF-153 z dnia 28.11.2000 r. w sprawie zmian organizacyjnych w Wojskach Lotniczych i Obrony Powietrznej.

Na podstawie „Planu zamierzeń organizacyjnych i dyslokacyjnych Sił Zbrojnych RP na lata 2000-2001” 29.11.2000 r. dowódca 3. Korpusu Obrony Powietrznej /rozkaz nr PF-84 z dnia 29.11.2000 r./ polecił do dnia 31.12.2000 r. rozformować 13. Pułk Lotnictwa Transportowego oraz sformować 8. Bazę Lotniczą i 13. Eskadrę Lotnictwa Transportowego.
W tym okresie powołana przez Dowódcę 3. KOP Grupa Organizacyjna przygotowała niezbędne dokumenty oraz programy organizacyjno-użytkowe, przeprowadzając jednocześnie dobór kadry oficerskiej i podoficerskiej na określone stanowiska etatowe.

8. Baza Lotnicza przeznaczona jest do zabezpieczenia logistycznego 13. Eskadry Lotnictwa Transportowego, 32. Ośrodka Dowodzenia i Naprowadzania, 3. Grupy Poszukiwawczo-Ratowniczej oraz sojuszniczych sił wzmocnienia w ramach wsparcia państwa – gospodarza (HNS) w okresie pokoju, kryzysu i wojny. Zgodnie z planem przydziałów gospodarczych 8 BLot zabezpiecza 12 jednostek i instytucji wojskowych (13. eltr, 32. ODN, 2. CKOP, 3. RWT SP, 3. GPR Kraków-Balice, Klub garnizonowy Kraków-Balice, WAK Kraków-Balice, Posterunek radiolokacyjny dalekiego zasięgu m. Brzoskwinia, 362. krt m. Miłkowa, WKU Nowy Targ, WOSzK Zakopane, WAK Zakopane).

Do głównych zadań 8. Bazy Lotniczej należy:
-  Zabezpieczenie logistyczne bieżącej działalności pododdziałów bazy i jednostek wojskowych przydzielonych na zaopatrzenie gospodarcze;
-  Zabezpieczenie szkolenia lotniczego 13. Eskadry Lotnictwa Transportowego oraz innych jednostek lotniczych czasowy przebywających na terenie bazy;
-  Zabezpieczenie bieżących potrzeb remontowych i obsług technicznego sprzętu bojowego;
-  Współudział w realizacji zadań z zakresu ratownictwa lotniczego;
-  Realizacja zadań ochrony i obrony kompleksu lotniskowo-koszarowego;
-  Przyjęcie i zabezpieczenie logistyczne sił i środków państw sojuszniczych;
-  Zabezpieczenie wizyt wojskowych delegacji zagranicznych.

W październiku 2006 r. zakończono trwającą od sierpnia 2004 roku „Modernizację hangaru obsługi samolotów CASA”. Hangar został rozbudowany, zmodernizowany i wyposażony w sprzęt, dzięki któremu jest w pełni dostosowany do wykonywania obsług samolotów CASA C-295M.

W 8. Bazie Lotniczej aktualnie eksploatowanych jest 5 rodzajów statków powietrznych:
1.    Samoloty transportowe: Casa C-295, M-28 Bryza i An-2;
2.    Śmigłowce: Mi-8 i Mi-2.

Powierzchnia głównej hali obsługowej hangaru (44x41,3=1817,2 m2) umożliwia wykonywanie obsług okresowych jednocześnie na 2 samolotach typu C 295 oraz dodatkowo na jednym An-2.
1 stycznia 2007 r. Baza obchodziła VI rocznicę sformowania.
14 lutego 2007 r. powołano Społeczny Komitet Fundatorów Sztandaru dla 8. Bazy Lotniczej.
23 lutego 2007 r. Minister Obrony Narodowej decyzją Nr 92/MON wprowadził odznakę pamiątkową 8. Bazy Lotniczej.

Zgodnie z decyzją Z-67/Org. P1 z dnia 22.09.2006r. Ministra Obrony Narodowej w sprawie rozformowania dowództwa 2 i 3 Korpusu Obrony Powietrznej oraz zmiany podporządkowania niektórych jednostek organizacyjnych sił powietrznych 17 maja 2007 r. nastąpiło przekazanie 8. Bazy Lotniczej i 13. Eskadry Lotnictwa Transportowego w bezpośrednie podporządkowanie pod dowództwo 3. Brygady Lotnictwa Transportowego, która przemianowana została na 3. Skrzydło Lotnictwa Transportowego.

15 września 2007 r. po ponad 6 latach od jej sformowania 8. Baza Lotnicza otrzymała dar od społeczności Krakowa i Województwa Małopolskiego – sztandar ufundowany przez Społeczny Komitet Fundatorów.

10 sierpnia 2009 roku Minister Obrony Narodowej Pan Bogdan KLICH podpisał Decyzję Nr 272/MON w sprawie nadania imienia oraz ustanowienie dorocznego święta 8. Bazy Lotniczej.
Na mocy w/w Decyzji 8. Baza Lotnicza przyjmuje imię patrona płk pil. Stanisława Jakuba SKARŻYŃSKIEGO, ustanowiono także dzień 15 września dorocznym Świętem naszej jednostki.

18 września 2009 roku po raz pierwszy w swojej historii 8. Baza Lotnicza obchodziła swoje święto. Obchody połączono z odsłonięciem pomnika patrona jednostki płk pil. Stanisława Jakuba SKARŻYŃSKIEGO.

W uroczystościach uczestniczyło wielu znamienitych gości: Minister Obrony Narodowej Pan Bogdan KLICH, ksiądz kardynał Stanisław DZIWISZ, syn patrona 8. BLot Pan Maciej SKARŻYŃSKI, wojewoda małopolski Pan Jerzy MILLER, prezydent Krakowa prof. Jacek MAJCHROWSKI, przewodnicząca Rady Miasta Krakowa Pani Małgorzata RADWAN-BALLADA, Wójt gminy Zabierzów Pani Elżbieta BURTAN, Burmistrzowie gmin Warta i Sułkowice, posłowie i senatorowie z Krakowa oraz Małopolski, rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego prof. dr hab. Karol MUSIOŁ, dowódca 3. SLTr gen. bryg. pil. Tadeusz MIKUTEL, generałowie: gen. dyw. Edward GRUSZKA, gen. dyw. Zbigniew GŁOWIENKA, gen. bryg. Marek OLBRYCHT, konsule generalni Stanów Zjednoczonych, Republiki Federalnej Niemiec i Republiki Francuskiej, autor projektu pomnika prof. Czesław DŹWIGAJ oraz Starszy Bractwa Kurkowego Leszek GOŁDA, Król Kurkowy Jan OKOŃSKI, Marszałkowie Bractwa Jana DZIURA-BARTKIEWICZ i Kazimierz LORANC, dowódcy, szefowie i komendanci zaprzyjaźnionych jednostek wojskowych, przedstawiciele organizacji społecznych i patriotycznych, żołnierze i pracownicy wojska garnizonu Kraków-Balice.

Pomnik poświęcił Metropolita Krakowski ksiądz kardynał Stanisław DZIWISZ.
Obchody pierwszego święta 8. BLot zakończyło spotkanie lotniczych pokoleń, które zorganizowano w Hangarze 8. Bazy Lotniczej.
 

                - 01.01.2001 r. – 07.06.2004 r.;
2. płk mgr inż. Krzysztof KRASNODĘBSKI

                - 08.06.2004 r. – 30.08.2006 r.;
3. płk dypl. pil. Sławomir ŻAKOWSKI

                - 31.08.2006 r. - 26.02.2008r.;

4. płk mgr inż. pil. Mirosław JEMIELNIAK

                - od 26.02.2008r.